Claustro de las Novicias con capilla
- Aforo: 120 de pie, 70 sentados aprox.
- Área: 289 m2
Claustro pequeño de agradables proporciones, con arquería de bóveda de arista ejecutada en ladrillo y muros y columnas de sillar cara vista. Capilla con bóveda de cañón a la que circunda una cornisa policromada y un altar con intención renacentista.
Claustro de los Naranjos
- Aforo: 200 de pie, 120 sentados aprox.
- Área: 381.60 m2
Llamado así por la presencia de esos frutales. El claustro es de color azul añil. Tiene pinturas murales de aves y flores al temple. Adornado por la serie de lienzos – Alma y Amor Divino – con un zaguán de formas caprichosas.
Pinacoteca
- Aforo: 300 sentados aprox.
- Área: 317.30 m2
Tres importantes salas que suman dos largas bóvedas paralelas y otra perpendicular, amarradas respectivamente a dos de las cuatro arquerías del Claustro Mayor y del Claustro de los Naranjos. El piso es de ladrillo antiguo. Gracias a su especial acústica, la Pinacoteca sirve como sala de conciertos, en particular de música barroca o de recitales de piano. Aquí se muestran en total noventa y dos lienzos de diversos tamaños y trece esculturas.
Refectorio
- Aforo: 150 personas o 10 mesas de 10 personas cada una aprox.
- Área: 157 m2
Era el comedor de las religiosas, amplio salón con un pequeño púlpito, el techo tiene una alta bóveda de cañón. El piso es de madera y cuenta con bancas de sillar y madera adosadas al muro, exhibe pinturas en sus muros
La Gran Cocina
- Aforo: 35 sentados, 60 de pie. aprox.
- Área: 119 m2
Ambiente ideal para reuniones de grupos pequeños. Sus paredes tiznadas y los curiosos utensilios que se exhiben allí la convierten en un espacio sumamente acogedor y misterioso.
Patio del Silencio
- Aforo: 200 personas de pie aprox.
- Área: 319.75 m2
El segundo patio que se encuentra al ingresar al monasterio, con arcos y paredes en color ocre.
Claustro Mayor
- Aforo: 753 de pie, 300 sentados aprox.
- Área: 753 m2
El más grande de los claustros del monasterio, con un color ocre intenso, con el tradicional detalle de molduras, cornisas y otros elementos en blanco; el piso en la arquería es de ladrillo y el piso del patio muestra un diseño ajedrezado con sillar y piedras de canto rodado. El claustro corre paralelo a la nave del templo, está adornado con treinta y un lienzos de la escuela cuzqueña y con pintura mural en la arquería.